2008年10月16日，日本厚生劳动省发布食安监发第1016001号和食安基发第1016002号通知：近日，日本得知中国发生了家畜食用的饲料中不正当地使用三聚氰胺的事件，因此日本怀疑食用了污染饲料的家畜和养殖鱼中残留有三聚氰胺。
据此，为确保食品的安全，当确认了食品中间接残留有三聚氰胺（源自饲料等）时，按下述处理。若三聚氰胺是被故意加入食品中时，作为违反食品卫生法第10条处理。若确认是其他原因导致残留有三聚氰胺时，厚生劳动省将另行通知其处理方法。
当食品中检出的三聚氰胺的含量超过2.5mg/kg时，厚生劳动省要求检疫所指导进口商自主召回该食品。但是婴幼儿食品中不得检出三聚氰胺。